Noch bevor zu Beginn des neuen Jahrtausends die so genannte New Economy zusammenbricht, trennt sich Bertelsmann mit hohem Gewinn von seinen Anteilen an AOL Europe und behauptet seine starke Position unter den großen Medienkonzernen. Gunter Thielen konsolidiert als Vorstandsvorsitzender das Unternehmen ab 2002 und stärkt dessen Dezentralität. Die Digitalisierung wird zum wichtigsten Trend jener Jahre. Im Jahr 2006 kauft Bertelsmann eigene Anteile im Wert von 4,5 Milliarden Euro von der belgischen Groupe Bruxelles Lambert zurück, für die man zuvor zusätzliche Anteile an der RTL Group erhalten hat. Portfoliobereinigungen folgen. Während der Wirtschaftskrise zum Ende der Dekade leitet der neue Vorstandsvorsitzende Hartmut Ostrowski das größte Kosten- und Effizienzprogramm in der Unternehmensgeschichte ein. Überschattet wird das Jahr 2009 vom Tode Reinhard Mohns am 3. Oktober.